Экологический факультет образован в 1994 году. В период становления на факультете велось обучение по специальностям «Лесное и лесопарковое хозяйство», «Охрана окружающей среды и рациональное использование природных ресурсов», «Землеустройство», «Социально-культурный сервис и туризм». В 1996 году произошло разделение экологического факультета, в результате были сформированы две кафедры – естествознания и прикладной экологии, коллектив которых состоял всего из 15 преподавателей и лаборантов. С этого периода на факультете ведутся подготовка и выпуск специалистов - инженеров в области лесного хозяйства и охраны окружающей среды. Первый декан экологического факультета - Жанэ Заур Киримизович, канд. хим. наук, доцент, возглавлял факультет с 1993 по 1996 гг. В 1996 г. обязанности декана факультета исполняла Шадже Аминет Ерестемовна, канд. с. – х. наук, доцент.

С 1996 года и по настоящее время факультет возглавляет Сухоруких Юрий Иванович, доктор сельскохозяйственных наук, профессор, заслуженный деятель науки Кубани, заслуженный лесовод Кубани и Российской Федерации, лауреат медали им. А. В. Альбенского. Научная деятельность Ю.И. Сухоруких посвящена вопросам лесного хозяйства, агролесомелиорации, инженерной биологии. Автор 144 научных публикаций, в том числе 31 книги и брошюры. Имеет работы, опубликованные в Германии, Канаде, Швейцарии. Под его руководством защищено семь кандидатских диссертаций. Член экспертного совета Россельхозакадемии по присуждению Золотой медали им. Г.Ф. Морозова, Совета при президенте Республики Адыгея по науке и научно-технической политике, зам. главного редактора журнала «Экологическое планирование и управление», член немецкого общества инженерной биологии и Европейской федерации инженерной биологии.

С 2003 года перечень специальностей, по которым ведется обучение на факультете, значительно дополнился. В 2003 году открыта новая специальность - «Садово-парковое и ландшафтное строительство»; в 2005 году приказом ректора университета на факультет передана специальность «Технология швейных изделий»; в 2007 году открыта специальность «Пожарная безопасность».

В настоящее время в состав факультета входят четыре кафедры: естествознания, лесохозяйственных дисциплин, экологии и защиты окружающей среды и физического воспитания. На факультете работает 1 член-корреспондент РАСХН, 7 докторов и 32 кандидата наук. Остепененность по кафедрам: лесохозяйственных дисциплин 69,3%, экологии и защиты окружающей среды 95,8%, физического воспитания 33%, естествознания 65%, в среднем по факультету 65,8%. На факультете числится 19 аспирантов из них: 8 человек на очной форме обучения и 11 на заочной. В 2010-2011 гг. планируется защита 1 кандидатской диссертации. В целом численность и квалификация ППС достаточны для ведения эффективной научно-исследовательской работы. Общая численность студентов, составляет более 700 человек.